Institut de Mathématiques de Toulouse

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Séminaire Mathématiques pour la biologie

par Fanny Delebecque, Pierre Neuvial - publié le , mis à jour le

Organisateurs Fanny Delebecque et Pierre Neuvial
Horaire habituel Jeudi 14h30
Lieu habituel Salle de conférence MIP, (bâtiment 1R3, 1er étage)



  • Jeudi 5 février 2015 15:30-16:30 - Cathy Maugis-Rabusseau - IMT

    Classification non-supservisée de gènes co-exprimés par modèles de mélanges. Des puces à ADN au séquençage haut-débit.

    Résumé : La détection de groupes de gènes co-exprimés est une question biologique importante pour la détermination de la (les) fonction(s) des gènes.
    La technologie des puces à ADN au milieu des années 1990 a permis de mesurer le niveau d’expression de milliers de gènes simultanément dans différentes conditions expérimentales. Cette technologie fournissant une mesure de type continu de l’expression des gènes, des mélanges gaussiens multivariés peuvent être utilisés pour mettre en évidence des groupes de gènes co-exprimés.
    Ces dernières années, les avancées significatives du séquençage haut-débit a fait du séquençage des ARN (RNA-seq) un nouvel outil pour l’étude de l’expression des gènes. Bien que les puces à ADN et le RNA-Seq ont pour but de caractériser l’activité transcriptionnelle, les outils statistiques pour l’analyse des données issue de la première technologie ne sont pas adaptées pour la seconde technologie, cette dernière fournissant des comptages. Nous proposons des mélanges de lois de Poisson pour classer les gènes à partir des comptages observés. Cette procédure de classification est implémentée dans le R-package HTSCluster.
    Cette modélisation a été modifiée pour répondre au problème de l’analyse différentielle dans le package HTSDiff (méthode bien différente de l’approche classique de test pour cette question).

    Lieu : Salle J. Cavailles (132) Batimênt 1R2


  • Jeudi 26 février 2015 15:30-16:30 - Pierre WEISS - Jerome FEHRENBACH - ITAV-IMT

    Une équipe projet Maths-Image-Biologie

    Résumé : Dans cet exposé, nous présenterons l’activité de l’équipe PRIMO (problèmes inverses pour l’imagerie biologique) globalement. Cette équipe est une équipe projet accueillie à l’ITAV, un institut interdisciplinaire en sciences du vivant. Les nombreuses problématiques abordées font que nous serions contents de renforcer nos collaborations avec les mathématiciens toulousains.
    Nous commencerons l’exposé par une présentation des problèmes d’acquisition d’images biologiques (échantillonnage compressé, défloutage, débruitage). Nous présenterons ensuite nos travaux en analyse d’images (segmentation, approches continues). Finalement, nous présenterons nos projets de couplage d’images avec des modèles : modèles biologiques de croissance tumorale, modèles d’interactions tissus/lumière.

    Lieu : Salle J. Cavailles (132) Batimênt 1R2


  • Jeudi 12 mars 2015 15:30-16:30 - Nicolas SAVY - IMT

    Statistiques pour l’épidémiologie et la recherche clinique. Collaboration avec l’Unité 1027 de Santé Publique de Toulouse.

    Résumé : Cet exposé se compose de trois parties :

    • Tout d’abord une présentation de l’Unité 1027 avec qui je collabore étroitement. L’organisation de l’unité, les thématiques et surtout les questions statistiques qu’elles soulèvent.
    • Ensuite je présenterai un premier travail - qui est à l’origine de cette collaboration - sur la modélisation de dynamiques de recrutement dans les essais cliniques. L’utilisation de modèles gamma-Poisson fournit des résultats tout à fait convaincant dans ce contexte.
    • Enfin je présenterai un second travail sur la mise au point d’un test de comparaison de données de survie dans le cadre des essais thérapeutiques avec suspicion d’effets tardifs.

    Lieu : Salle J. Cavailles (132) Batimênt 1R2


  • Jeudi 26 mars 2015 15:30-16:30 - Sepideh MIRRAHIMI - IMT

    Comment décrire et prédire l’évolution adaptative d’une population sous l’effet de la sélection et des mutations ?

    Résumé : Cet exposé porte sur la modélisation mathématique des mécanismes de sélection et de mutations. Je donnerai une présentation générale sur comment la combinaison de certaines études stochastiques individus centrés et des approches intégro-différentielles déterministes, développées durant la dernière décennie, peuvent mener à une compréhension plus adéquate de l’évolution adaptative d’une population.
    Je montrerai comment ces approches peuvent nous permettre de décrire qualitativement et quantitativement la distribution et l’évolution des traits phénotypiques dans une population, tout en évitant l’hypothèse traditionnelle de séparation d’échelle de temps écologique et celle de l’évolution dans le domaine de la dynamique adaptative.
    De nouvelles avancées dans ces études laissent présager que ces approches peuvent être aussi utilisées pour des systèmes écologiques plus complexes afin de prendre en compte la structure spatiale ou le changement temporel d’environnement.


  • Jeudi 9 avril 2015 15:30-16:30 -

    Pas de GdT mais Workshop « Modélisation et simulation d’essais cliniques », http://www.math.univ-toulouse.fr/ savy/Workshop2015.html

  • Jeudi 30 avril 2015 15:30-16:30 - Sébastien Déjean - IMT

    Le package mixOmics pour l’intégration de données

    Résumé : Dans le cadre de plusieurs collaborations avec des équipes de recherche en biologie, le thème de l’intégration de données est devenu prépondérant au cours des dernières années. Pour contribuer à ce domaine de recherche, deux thèses ont été préparées à l’IMT entre 2004 et 2008. Ces travaux ont abouti à des développements méthodologiques qui ont été mis à la disposition de la communauté scientifique via le package mixOmics pour le logiciel R. Un rappel historique, quelques aspects méthodologiques, des applications et une présentation du package seront au menu de cette séance.

    Lieu : Salle de Conférence MIP, bâtiment 1R3, 1er étage


  • Jeudi 21 mai 2015 15:30-16:30 - Adrien Blanchet - TSE, Université Toulouse 1 Capitole

    Chimiotactisme : les modèles de Keller-Segel

    Résumé : Dans un exposé qui se veut non-technique, nous tâcherons de présenter
    plusieurs modèles de chimiotactisme de type Keller-Segel introduits en
    biologie et en physique. Nous tenterons d’exhiber certains propriétés
    qualitatives de ces modèles en se basant sur une analyse mathématiques
    fine et des simulations numériques grossières.

    Lieu : Salle de Conférence MIP, bâtiment 1R3, 1er étage


  • Jeudi 4 juin 2015 15:30-16:30 - Diane Peurichard - IMT

    Simple mechanical cues could explain adipose tissue morphogenesis

    Résumé : The mechanisms by which organs acquire their functional structure and realize its maintenance (or homeostasis) over time are still largely unknown. In this talk, we use adipose tissue as a biological model and study the formation of lobule-like cell structures surrounded by an organized fiber network. By supplying substrates needed for adipogenesis, vasculature was believed to induce the regroupment of adipocytes near capillary extremities. In this talk, we show that the emergence of these structures could be explained by simple mechanical interactions between the adipocytes and the collagen fibers. We introduce a 2D individual based model for cells interacting with extra-cellular-matrix fiber elements. Cells are modeled as growing spheres which can not overlap and fiber elements as straight lines of fixed length which have the ability to connect together. Cell and fiber motion is guided by the minimization of a global entropy, defined as a mechanical feedback between the two agents and regularly disturbed by various biologically-justified phenomena. The model produces structures that compare quantitatively well to the experimental data. We prove that cell clusters could spontaneously emerge as a result of simple mechanical interactions between cells and fibers and surprisingly, vasculature is not directly needed for these structures to emerge.

    Lieu : Salle de Conférence MIP, bâtiment 1R3, 1er étage


  • Jeudi 15 octobre 2015 15:15-16:30 - Sabine Mercier

    "Approche globale pour la loi du score local"

    Résumé : Cet exposé fera la synthèse des travaux portant sur la distribution du score local utilisé dans l’analyse et la comparaison de séquences biologiques et auxquels j’ai pris part depuis mon arrivée à Toulouse,
    Après une présentation du contexte, des données, des définitions et des résultats principaux sur lesquels nous nous appuierons, je commencerai par exposer un résultat dans le cas de la comparaison de séquences avec insertions délétions. La partie suivante portera sur des résultats plus récents sur la distribution du couple (score local, longueur du segment réalisant le score local) ainsi qu’un résultat non intuitif sur la localisation du segment de score maximal dans la séquence. Des exemples d’applications de la loi du score local dans le cas de l’analyse de séquences : Détection de zones de sélection chez des cailles ; détection de Cluster de gènes. Je conclurai mon exposé par des propositions d’ouvertures.
    Pas de démonstration, peu de formules, cet exposé se veut à la fois pour des mathématiciens et pour des biologistes.

    Lieu : Amphi Scwartz (RdC bat 1R3)


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  • Jeudi 1er octobre 2015 -

    40 ans du laboratoire MIAT

    Notes de dernières minutes : Site web de l’évènement : http://mia.toulouse.inra.fr/40ans


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